荧光显微镜是一种使用荧光或磷光物质的光学显微镜，主要是用紫外线照射被检测物，并使其发出荧光，即可在显微镜下观察被检测物的形态及位置。

荧光显微镜使用反射和吸收研究有机或无机物质的特性。“荧光显微镜”是指使用荧光来产生一个图像的显微镜，无论是相对简单的设置，如落射荧光显微镜，或更复杂的设计，如共聚焦显微镜，都是使用光学切片，以获得分辨率更高的荧光图像。

荧光显微镜光源：　

荧光显微镜由光源、滤色系统和光学系统等主要部件组成。其中，光源通常采用200瓦的超高压汞灯，由石英玻璃制作而成;滤色系统由激发滤板和压制滤板组成;光学系统包括反光镜、聚光镜、物镜和目镜，荧光显微镜主要用于研究细胞内物质的吸收、运输、化学物质的分布及定位等，可对这类物质进行定性和定量分析。

荧光显微镜的光源，要求强烈的、近乎单色光的照明，这是一些普遍的光源，比如卤素灯泡不能提供的。荧光显微镜的光源包括氙气灯或带有激发滤片的水银灯，激光，超连续光谱光源和高功率发光二极管。激光被广泛地用于更复杂的荧光显微技术，像共聚焦显微镜或全内反射荧光显微镜。而氙气灯，水银灯，和发光二极管与分色激发滤片通常被用于广角落射荧光显微镜。

荧光显微镜工作原理：　　

荧光显微镜的原理是某些物质经过一定波长的光照射后，物质中的分子被激活吸收能量后跃迁至激发态，当其从激发态返回至基态时，所吸收的能量部分转化为热量或用于光化学反应，大部分则以光能形式辐射出来，其中辐射出的光的波长长于激发光的可见光为荧光。

2014年10月8日，诺贝尔化学奖颁给了艾力克·贝齐格，威廉·莫尔纳尔和斯特凡·赫尔，表扬其发展超高清晰度荧光显微镜，带领光学显微镜由微米级进入纳米级尺度中。